На экспозициях и на многочисленных выставочных проектах музея-заповедника представлены предметы искусства не только из собрания МГОМЗ, но также уникальные предметы искусства из других музеев. Музей-заповедник активно сотрудничает с ведущими федеральными музеями Москвы, музеями московского подчинения, с музеями Санкт-Петербурга. В рамках регионального сотрудничества музей-заповедник организует совместные выставки с региональными художественными и краеведческими музеями. В музее-заповеднике ведется работа по популяризации собраний частных коллекционеров, антикварных салонов, художественных мастерских.
Важным направлением в работе музея-заповедника является работа с детской и юношеской аудиторией, учащимися художественных школ, студентами высших учебных заведений. Московский государственный объединенный музей-заповедник и Национальный исследовательский ядерный университет МИФИ сотрудничают в сфере просветительской деятельности с марта 2011 года.
Когда-то, почти полвека тому назад, у молодежи существовала традиция: студенты-физики и математики принимали активное участие в литературных вечерах и диспутах по общественным наукам, а студенты-гуманитарии, в свою очередь, посещали научные мероприятия своих коллег — студентов естественнонаучных факультетов. Старой доброй традиции решили придать новое дыхание.
Культурно-просветительская программа для студентов I курса НИЯУ МИФИ в течение 5 учебных семестров 2011 – 2013 гг. силами сотрудников просветительского направления МГОМЗ реализуеися в форме экскурсий, лекций и музейных занятий, адаптированных к потребностям учебной программы кафедры истории университета. Эта программа — своего рода дополнение к основному образованию студентов.
По окончании каждого семестра сотрудники музея-заповедника призывают студентов – участников программы оставить свои отзывы и пожелания. Опыт, приобретенный музеем-заповедником в работе со студентами НИЯУ МИФИ, получил высокую оценку на XV Международном фестивале музеев «Интермузей-2013» (31 мая – 4 июня 2013 г.), войдя в семерку финалистов по номинации «Музей плюс».
Студенты НИЯУ МИФИ в течение вот уже 2-х лет принимают участие в различных конкурсах, проводимых музеем-заповедником. Среди них конкурс творческих работ «Он сам есть целая история» (к 340-летию со дня рождения Петра Великого, сентябрь 2012 г.) и фотоконкурс «Москва глазами молодых» (май 2013 г.), проводившиеся во Дворце царя Алексея Михайловича в Коломенском. В 2014 г. предполагается участие студентов в конкурсе «Этот город наш с тобою…», посвященном истории и современному облику нашей столицы.
Студенты НИЯУ МИФИ также выступают с сообщениями на научно-просветительских семинарах, проводимых музеем-заповедником: Семинары «200-летие Отечественной войны 1812 г. Два века в исторической памяти России» (17 октября 2012 г.) и «Романовы и военная история России» (24 октября 2013 г.), проходили во Дворце Н.А. Дурасова в Люблине.
В то же время, сотрудники просветительского направления МГОМЗ 15 апреля 2013 г. приняли участие в студенческой конференции «Романовы. Венценосная фамилия», проходившей на территории НИЯУ МИФИ. В День Знаний 1 сентября на площадке перед Дворцом царя Алексея Михайловича в Коломенском ежегодно теперь проходит посвящение в студенты для учащихся I курса НИЯУ МИФИ.